Theo hướng dẫn của Hội đồng Đội Trung ương về tổ chức Đại hội Liên đội, tại các cơ sở giáo dục sau sắp xếp, tổ chức lại, các chi đội ở trường chính, phân hiệu, điểm trường cùng trực thuộc một Liên đội thống nhất, không thành lập cấp tổ chức Đội trung gian.
Đại hội Liên đội được tổ chức vào đầu năm học, sau khi các chi đội trực thuộc hoàn thành đại hội, phấn đấu hoàn thành trong tháng 10 hằng năm và thời lượng không quá một buổi. Tùy quy mô, điều kiện thực tế, Đại hội có thể tổ chức theo hình thức toàn thể đội viên hoặc đại biểu. Tên gọi thống nhất là Đại hội Liên đội, không sử dụng tên “Đại hội đại biểu Liên đội”.
Đối với cơ sở giáo dục có trường chính, phân hiệu, điểm trường, hướng dẫn yêu cầu tổ chức một Đại hội Liên đội thống nhất trong toàn cơ sở giáo dục; không tổ chức Đại hội Liên đội hoặc duy trì Ban Chỉ huy Liên đội riêng tại từng phân hiệu, điểm trường.
Với phân hiệu, điểm trường ở xa, Liên đội có thể tổ chức lấy ý kiến đội viên, chuẩn bị nội dung và lựa chọn đại biểu tại điểm trường trước Đại hội. Cách làm này nhằm bảo đảm quyền tham gia của đội viên nhưng không làm phát sinh tổ chức Đội riêng.
Về nhân sự, Liên đội có trường chính, phân hiệu, điểm trường có Ban Chỉ huy từ 9-21 thành viên, gồm một Liên đội trưởng, 2-4 Liên đội phó và các Ủy viên. Cơ cấu nhân sự phải bảo đảm đại diện phù hợp tại các địa điểm. Phân hiệu, điểm trường có từ 5 chi đội trở lên được cơ cấu ít nhất một Liên đội phó là đội viên đang học tại địa điểm đó; nơi có từ 2 đến dưới 5 chi đội được cơ cấu ít nhất một Ủy viên.
Tuy nhiên, mỗi phân hiệu, điểm trường không nhất thiết phải có một Liên đội phó. Việc phân công Liên đội phó phụ trách địa điểm không làm phát sinh Ban Chỉ huy Liên đội tại phân hiệu, điểm trường hoặc cấp tổ chức Đội trung gian.
Đại hội chỉ bầu thành viên Ban Chỉ huy Liên đội, không bầu riêng từng chức danh. Sau Đại hội, Ban Chỉ huy khóa mới họp, thống nhất phân công Liên đội trưởng, các Liên đội phó, Ủy viên phụ trách công tác kiểm tra và nhiệm vụ của từng thành viên dựa trên năng lực, sở trường, địa bàn học tập.
Ban Chỉ huy được bầu bằng hình thức bỏ phiếu kín. Đội viên có quyền ứng cử, đề cử và bầu cử. Người trúng cử phải đạt trên một nửa tổng số phiếu bầu hợp lệ và được xác định theo số phiếu từ cao xuống cho đến đủ số lượng được Đại hội quyết định.
Hội đồng Đội Trung ương yêu cầu Ban Giám hiệu và giáo viên làm Tổng phụ trách Đội tạo điều kiện về thời gian, địa điểm, cơ sở vật chất; đồng thời hướng dẫn, hỗ trợ đội viên chuẩn bị và tổ chức Đại hội nhưng không làm thay những công việc thuộc quyền quyết định, điều hành của đội viên.
