Quá trình điều tra vụ án, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an đã ra Quyết định khởi tố bị can số 02/ANĐT ngày 05/01/2012 và Quyết định truy nã số 12/ANĐT ngày 14/02/2012 đối với Thái Văn Tự (SN 1979, quê quán tỉnh Nghệ An).
Tội danh bị khởi tố: “Hoạt động nhằm lật đổ chính quyền nhân dân”, quy định tại khoản 1 Điều 79 Bộ luật Hình sự năm 1999 (nay là Điều 109 Bộ Luật Hình sự năm 2015, sửa đổi, bổ sung các năm 2017, 2025).
Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an yêu cầu bị can Thái Văn Tự ra đầu thú để phục vụ công tác điều tra, truy tố, xét xử và được hưởng chính sách khoan hồng của pháp luật.
Nếu phát hiện bị can Thái Văn Tự đang ở đâu, bất kỳ người nào cũng có quyền bắt và giải ngay đến cơ quan Công an, Viện Kiểm sát hoặc Ủy ban nhân dân nơi gần nhất. Sau khi bắt hoặc tiếp nhận bị can Thái Văn Tự phải báo ngay cho Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an, địa chỉ: số 10 phố Trần Kim Xuyến, phường Yên Hòa, thành phố Hà Nội, điện thoại: 069.220.9109/ 069.220.9138.