Tuy nhiên, do đợt này chỉ triển khai tiêm Quinvaxem cho trẻ dưới 1 tuổi nên có khoảng 5.000 trẻ trên 1 tuổi dù chưa tiêm đủ 3 mũi (vaccine bị tạm dừng sử dụng gần 6 tháng) nhưng cũng không được tiêm. Điều này khiến nhiều phụ huynh lo lắng vì trẻ chưa tiêm đủ mũi sẽ không có tác dụng phòng bệnh tốt. Sở Y tế Hà Nội cho biết, sẽ lập danh sách những trường hợp này để xin ý kiến chỉ đạo của Bộ Y tế về thời gian tiêm.