Quá trình điều tra, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã làm rõ được hành vi của 12/26 người là trưởng, phó nhóm bán hàng cho Z holding. Nhóm này đã dùng hai sổ sách kế toán để che giấu doanh thu bán hàng thực tế. Nhóm phụ trách mua hàng của Z Holding cũng có vi phạm về kế toán.
Bước đầu, cơ quan điều tra xác định, trong giai đoạn từ tháng 3-2022 đến tháng 2-2025, các đối tượng đã gây thiệt hại về thuế 1.435 tỷ đồng. Trong đó, thuế giá trị gia tăng hơn 451 tỷ đồng, thuế thu nhập doanh nghiệp hơn 983 tỷ đồng. Cơ quan Công an đã tạm giữ, phong tỏa kê biên hơn 7.500 tỷ đồng.
Trước đó, tại giai đoạn 1 của vụ án, công an xác định bộ ba sáng lập Z Holding gồm Hoàng Quang Thịnh, La Khắc Minh và Nguyễn Văn Minh đã sản xuất sữa giả với doanh thu 2.436 tỷ đồng, hưởng lợi bất chính hơn 150 tỷ đồng. Tổng hợp 3 tội Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng,Sản xuất, buôn bán hàng giả là thực phẩm và Rửa tiền, tòa sơ thẩm tuyên phạt Thịnh 30 năm tù, Khắc Minh 26 năm tù, Văn Minh 28 năm tù.
Trước năm 2023, Z Holding đặt gia công tại nhiều nhà máy để sản xuất các sản phẩm dinh dưỡng, thực phẩm bổ sung và thực phẩm dùng cho chế độ ăn đặc biệt. Sau đó, lãnh đạo công ty thấy cần tự làm nhà máy để kiểm soát chất lượng sản phẩm nên đã lập Công ty Nature Made, tự xây dựng nhà máy để sản xuất, kinh doanh các mặt hàng đang phải đặt thuê gia công.
Các công ty thuộc hệ thống Công ty Z Holding đã bán ra thị trường 22 loại sản phẩm giả với tổng số 4,2 triệu lon, thu 2.018 tỷ đồng. Lợi nhuận trước thuế thu nhập doanh nghiệp là 319 tỷ đồng.
Ngoài hành vi này, các lãnh đạo của Z Holding còn che giấu hơn 7.825 tỷ đồng doanh thu thực tế, gây thiệt hơn 1.633 tỷ đồng về thuế cho Nhà nước. Nhóm này còn rửa tiền 83 tỷ đồng dưới vỏ bọc là quỹ đầu tư, giao dịch cổ phần, mua bán bất động sản.
