Cụ thể, đối với gói thầu số 1, HĐNT cho rằng, thiết kế tuyến đi nổi trên cao từ Nhổn đến khách sạn Daewoo không những không giải quyết được ách tắc giao thông mà còn ảnh hưởng đến sự phát triển bền vững lâu dài của Thủ đô. Đáng ra, các tuyến Metro phải được ngầm hóa tối đa vừa giải phóng được giao thông trên mặt đất, vừa không phá vỡ không gian đô thị, vừa đảm bảo môi trường cảnh quan và tiện lợi cho sử dụng.
Đối với gói thầu số 2, HĐNT góp ý, các ga S6 và S7 bố trí trên khu vực đường phố hẹp, kết nối nhà ga với giao thông đô thị hiện có quá chật hẹp, tạo sự rối loạn giao thông nên cần được xem xét mở rộng. Các nhà ga thiết kế mái hình cánh chim, cao vểnh lên, chênh cao 22,2m so với vỉa hè chưa phù hợp với khí hậu Hà Nội, hành khách chờ tàu sẽ chịu nắng mưa, gió rét. Tại nhiều ga như ga Nhổn, ga Phú Diễn chưa có hệ thống xử lý nước thải và sẽ xả thẳng ra kênh mương...
