Khoảng cuối tháng 6-2012, Tổng Công ty Lương thực miền Bắc, Công ty TNHH một thành viên Lương thực Lương Yên đã có công văn gửi Sở GTVT Hà Nội đề nghị chấm dứt hoạt động của bến xe Lương Yên để phục vụ dự án xây dựng nhà cao tầng trước ngày 1-7-2012.
Tuy nhiên, ý kiến này của Công ty TNHH một thành viên Lương thực Lương Yên đã không nhận được sự đồng tình của Sở GTVT Hà Nội cũng như ngành vận tải. Hiệp hội Vận tải Hà Nội ngay sau đó đã có văn bản gửi các cấp có thẩm quyền đề nghị kéo dài hoạt động của bến xe Lương Yên để các doanh nghiệp vận tải với gần 300 đầu xe tiếp tục phục vụ nhu cầu đi lại của nhân dân Thủ đô và các tỉnh lân cận đồng thời đảm bảo công ăn việc làm cho hơn 60 cán bộ công nhân của bến xe.
Sau khi xét đề nghị của Tổng Công ty Lương thực miền Bắc và ý kiến của Bộ KH-ĐT và Bộ Tài chính, Phó Thủ tướng Vũ Văn Ninh đã yêu cầu không tiếp tục triển khai dự án.
