Báo cáo nêu rõ dù năm 2009 tình hình kinh tế khó khăn nhưng thu ngân sách đã vượt dự toán 16,6%. Đối với chi ngân sách, thì tổng chi năm 2009 giảm so với dự toán. KTNN đề nghị tăng thu vào ngân sách trên 4.900 tỷ đồng, giảm chi trên 2.400 tỷ đồng. Nợ đọng được phát hiện phải thu thêm cũng lên tới trên 697 tỷ đồng... Bội chi ngân sách nhà nước bằng 6,9% GDP, thấp hơn mức Quốc hội cho phép 0,1%.
Theo báo cáo kiểm toán thì số kinh phí sử dụng sai chế độ, tiêu chuẩn, định mức phải thu hồi nộp NSNN tại 14 bộ, ngành và 10 tổ chức chính trị xã hội nghề nghiệp nhận hỗ trợ kinh phí NSNN lên tới 4,76 tỷ đồng (trong khi năm 2008 là 3 tỷ đồng).
KTNN cũng cho biết, tình trạng chi thường xuyên vượt dự toán giao đầu năm tại các địa phương chậm được khắc phục, có tới 31/32 tỉnh, thành được kiểm toán đều chi vượt dự toán như Hậu Giang trên 46,78%; Cao Bằng 44%; Ninh Bình 31%, Hà Nội 32%. Lý giải cho việc này, theo KTNN thì ngoài những nguyên nhân khách quan như tăng tiền lương tối thiểu, thực hiện các chính sách an sinh xã hội, chế độc với cán bộ công chức cấp xã, còn do công tác lập dự toán chưa sát thực tế, quản lý điều hành ngân sách chưa chặt chẽ, tiết kiệm.
Kết quả kiểm toán cũng chỉ ra rằng việc mua sắm, quản lý và sử dụng tài sản tại nhiều bộ, ngành còn chưa chặt chẽ, phản ánh giá trị tài sản chưa đúng, sử dụng tài sản không đúng mục đích, không hiệu quả, mua sắm tài sản chưa đủ thủ tục.
Bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn sử dụng xe ô tô không đúng mục đích, cho mượn xe ô tô. Cảng vụ Thành phố Hồ Chí Minh (Bộ Giao thông vận tải) đầu tư dự án từ năm 2002 trị giá hơn 9,1 triệu USD nhưng do đầu tư thiếu đồng bộ nên đến nay vẫn không khai thác sử dụng được.
Đồng thời, việc quản lý tài sản tại các địa phương được kiểm toán còn thiếu chặt chẽ và để xảy ra các sai phạm như dùng nguồn tăng thu để mua ôtô cho các đơn vị trên địa bàn như tỉnh Vĩnh Phúc dùng 2,3 tỷ đồng từ nguồn tăng thu để mua ôtô cho Bộ chỉ huy quân sự tỉnh và trường Trung cấp Quân sự, không thuộc nhiệm vụ chi của ngân sách địa phương.
Bên cạnh đó nhiều địa phương cho thuê nhà không đúng quy định gây lãng phí ngân sách như tại tỉnh Hậu Giang, diện tích đất không sử dụng hợp pháp hơn 1.003 ha chiếm 45% diện tích kiểm kê, đất để hoang hóa, chưa sử dụng chiếm 4,91% diện tích đất kiểm kê.
KTNN cho biết xem xét việc nộp ngân sách của 78 doanh nghiệp nhà nước và kiểm tra việc kê khai thuế của 601 đối tượng nộp thuế khác, KTNN đã xác định khoản phải nộp thêm vào ngân sách đến trên 1.100 tỉ đồng. Tại 28 tập đoàn, tổng công ty, ngân hàng thương mại nhà nước và tổ chức tài chính, số thuế, phí và các khoản khác phải nộp tăng thêm sau khi kiểm toán lên tới 1.170 tỷ đồng.
Từ những kết quả báo cáo, KTNN kiến nghị Chính phủ chỉ đạo các bộ, ngành, địa phương kiểm điểm, xử lý trách nhiệm tập thể, cá nhân đối với các khuyết điểm và sai phạm. Đồng thời KTNN kiến nghị xử lý các vấn đề về cơ chế như thay thế, bổ sung 60 văn bản quy phạm pháp luật không còn phù hợp.
