Dự thảo Luật Thủ đô (sửa đổi) quy định về quản trị Thủ đô (Điều 10) xác lập thẩm quyền của UBND Thành phố trong việc quyết định và tổ chức thực hiện các cơ chế, chính sách, biện pháp quản trị hiện đại nhằm nâng cao hiệu lực, hiệu quả quản lý Nhà nước trên địa bàn.
Theo đó, UBND Thành phố được áp dụng các phương thức quản trị tiên tiến dựa trên dữ liệu số, công nghệ số và trí tuệ nhân tạo, đồng thời quy định về an toàn, quản lý rủi ro, ứng dụng trí tuệ nhân tạo trong hoạt động quản lý Nhà nước và cơ chế chia sẻ dữ liệu ẩn danh phục vụ quản lý.
Bên cạnh đó, UBND Thành phố được quyết định điều chỉnh trình tự, thủ tục, thẩm quyền theo hướng cải cách hành chính, bảo đảm giảm thủ tục, chuyển từ tiền kiểm sang hậu kiểm, không phát sinh thêm yêu cầu, điều kiện và thời gian giải quyết thủ tục hành chính.
Dự thảo Luật cũng quy định về phát triển khu thương mại tự do và các loại hình kinh tế mới (Điều 31) tạo cơ sở pháp lý cho việc hình thành khu thương mại tự do và phát triển các mô hình kinh tế mới tại Thủ đô; Quy định việc thành lập khu thương mại tự do của Thủ đô do UBND Thành phố quyết định sau khi được HĐND Thành phố phê duyệt;
Dự thảo Luật bổ sung quy định về cơ chế miễn trừ, loại trừ trách nhiệm pháp lý (Điều 40) có điều kiện đối với người thực thi công vụ khi thực hiện đúng quy trình, vì lợi ích chung và trong bối cảnh thí điểm, thử nghiệm chính sách mới.
Ngoài ra, dự thảo Luật Thủ đô (sửa đổi) đã mở rộng đáng kể thẩm quyền của chính quyền Thủ đô trong việc tự chủ cải cách hành chính, giao thẩm quyền cho UBND Thành phố được thay đổi trình tự, thủ tục, thẩm quyền đang được quy định trong văn bản quy phạm pháp luật của cơ quan Nhà nước cấp trên để thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn của cơ quan, tổ chức hành chính thuộc Thành phố, bảo đảm yêu cầu về cải cách hành chính theo hướng giảm thủ tục hành chính, không quy định thêm thành phần hồ sơ, không tăng thêm yêu cầu, điều kiện, thời gian giải quyết thủ tục đang áp dụng, đẩy mạnh ứng dụng công nghệ thông tin, chuyển đổi số.
Dự thảo Luật đã thể chế hoá chủ trương phân quyền, phân cấp triệt để cho chính quyền Thủ đô, có sự phát triển mạnh mẽ, chuyển từ việc quy định các cơ chế thực thi cụ thể sang xác lập một hệ thống nguyên tắc phân quyền toàn diện và tăng cường tính tự chủ tối đa cho chính quyền Thủ đô, cho phép Thành phố chủ động xây dựng và phê duyệt các Đề án thí điểm cơ chế, chính sách chưa có trong luật hoặc khác với luật hiện hành để xử lý các "điểm nghẽn" thể chế.
Cụ thể, dự thảo xác định rõ các lĩnh vực Thủ đô được quyền tự chủ; Quy định HĐND Thành phố có thẩm quyền ban hành quy định mới hoặc khác với quy định của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ, các Bộ và cơ quan ngang Bộ để thực hiện thẩm quyền của chính quyền địa phương trong việc xây dựng và phát triển Thủ đô; Quy định HĐND Thành phố được trao quyền quyết định tổng số người làm việc theo vị trí việc làm tại các cơ quan, đơn vị thuộc Thành phố.
Đặc biệt, dự thảo Luật bổ sung quyền thí điểm chế độ công chức hợp đồng và cho phép người trực tiếp sử dụng công chức thực hiện việc tuyển dụng, bổ nhiệm và đánh giá…