Cơ quan tố tụng xác định Dương Chí Dũng giữ vai trò chủ mưu, ký duyệt chủ trương đầu tư dự án nhà máy sửa chữa tàu biển phía Nam, phê duyệt mua ụ nổi 83M… Các hành vi này đã gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 366 tỉ đồng. Trong đó, Dương Chí Dũng, Mai Văn Phúc - nguyên Tổng giám đốc Vinalines, Trần Hữu Chiều - nguyên Phó Tổng giám đốc Vinalines và Trần Hải Sơn - nguyên Tổng giám đốc Công ty TNHH sửa chữa tàu biển Vinalines đã tham ô hơn 28 tỉ đồng. Dương Chí Dũng và các bị can phải liên đới bồi thường khoản tiền thiệt hại gần 340 tỉ đồng.
Được biết, trong quá trình điều tra, cơ quan CSĐT - Bộ Công an đã phát hiện một số tổ chức, cá nhân ở nước ngoài có các hành vi bất minh, nên đã đề nghị hỗ trợ tư pháp từ nước bạn để tiếp tục làm rõ vụ án. Cáo trạng của Viện KSND Tối cao cũng nêu rõ, trong một thời gian dài, Bộ Giao thông Vận tải, đơn vị chủ quản của Vinalines, đã không kiểm tra, giám sát sát sao, để Vinalines xảy ra nhiều sai phạm, gây hậu quả thiệt hại rất lớn, nên phải kiểm điểm, có biện pháp xử lý nghiêm đối với những cán bộ liên quan.
