Trong số 55 bị cáo của vụ án, hai cựu Cục trưởng Cục An toàn thực phẩm là Nguyễn Thanh Phong và Trần Việt Nga cùng 30 cựu cán bộ, chuyên viên Cục An toàn thực phẩm (Bộ Y tế) bị xét xử về tội “Nhận hối lộ”, theo quy định điểm a, khoản 4, Điều 354 - Bộ luật Hình sự.
Cũng với tội “Nhận hối lộ” nhưng 4 cựu cán bộ, chuyên viên Cục An toàn thực phẩm khác chỉ bị xem xét theo khoản 3, Điều 354 - Bộ luật Hình sự. Các bị cáo còn lại là Giám đốc doanh nghiệp và cá nhân bị truy tố tội “Đưa hối lộ”, quy định tại Điều 364 - Bộ luật Hình sự.
Phiên toà dự kiến kéo dài trong 10 ngày với thành phần Hội đồng xét xử gồm 5 thành viên, trong đó có 2 Thẩm phán, 3 Hội thẩm nhân dân và do Thẩm phán Lưu Ngọc Cảnh làm Chủ toạ phiên toà. Đại diện Viện kiểm sát nhân dân thực hành quyền công tố là 5 Kiểm sát viên. Tham gia phiên toà còn có số lượng luật sư rất lớn.
Có trên 80 luật sư của hơn 60 văn phòng luật sư đăng ký tham gia bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp cho các bị cáo. Ngoài ra, để chuẩn bị cho phiên tòa, Hội đồng xét xử đã triệu tập gần 60 người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan đến phiên tòa.
Theo tài liệu truy tố, tháng 9-2018, bị cáo Nguyễn Thanh Phong chủ trì cuộc họp cấp ủy, lãnh đạo Cục và thống nhất giao cho Trung tâm Ứng dụng và Đào tạo An toàn thực phẩm và Phòng Quản lý Tiêu chuẩn và Kiểm nghiệm thực hiện nhiệm vụ của Phòng Quản lý sản phẩm thực phẩm trong việc thẩm xét hồ sơ đăng ký bản công bố sản phẩm.
Bị cáo Nguyễn Thanh Phong đồng ý chủ trương cho các chuyên viên cấp dưới nhận tiền, ngoài lệ phí quy định trong quá trình thẩm xét đăng ký hồ sơ công bố sản phẩm. Mức tiền từ 5 triệu đồng đến 10 triệu đồng/ bộ hồ sơ và trung bình 7 triệu đồng/ hồ sơ.
Từ năm 2018-2024, các chuyên viên Cục An toàn thực phẩm đã nhận tổng số tiền hơn 107 tỷ đồng của các tổ chức, cá nhân khi cấp Giấy tiếp công bố sản phẩm thực phẩm và Giấy chứng nhận nhà máy đạt tiêu chuẩn GMP.
“Dàn” lãnh đạo và chuyên viên Cục An toàn thực thẩm thống nhất phân chia tỷ lệ nhận tiền hối lộ là Cục trưởng từ 2,5 - 3 triệu đồng một hồ sơ do Trung Tâm thẩm xét, từ 1 - 1,5 triệu đồng đối với hồ sơ do Phòng Quản lý Tiêu chuẩn kiểm nghiệm thẩm xét và từ 1,5 - 2 triệu đồng một hồ sơ do Phòng Quản lý sản phẩm thực phẩm giải quyết.
Trường hợp Phó Cục trưởng trực tiếp ký giấy tiếp nhận đăng ký bản công bố sản phẩm thì Phó cục trưởng nhận từ 1,5 - 2 triệu đồng/ hồ sơ. Còn bị cáo Phong chỉ nhận từ 1 - 1,5 triệu đồng/ hồ sơ.
Trưởng phòng, Giám đốc trung tâm 1 - 1,5 triệu đồng/ hồ sơ. Phó trưởng phòng, Phó Giám đốc Trung tâm nhận từ 500.000 đến 1 triệu đồng/ hồ sơ. Chuyên viên thẩm xét 1 nhận từ 700.000 đồng đến 1 triệu đồng/ hồ sơ. Chuyển viên thẩm xét 2 nhận từ 300.000 đồng đến 500.000 đồng/ hồ sơ.
Bị cáo Nguyễn Thanh Phong bị xác định hưởng lợi cá nhân 43,9 tỷ đồng, gồm 43,5 tỷ đồng liên quan đến hồ sơ công bố; 330.000.000 đồng liên quan đến cấp GMP.
Bị cáo Trần Việt Nga (cựu Phó Cục trưởng, giai đoạn từ tháng 7-2018 đến tháng 9-2024 và sau là Cục trưởng) bị xác định có hành vi yêu cầu cấp dưới quán triệt việc thu tiền hối lộ để đưa cho mình ít nhất 2 triệu đồng/ hồ sơ và hưởng lợi hơn 8 tỷ đồng.
Bị cáo Nguyễn Hùng Long (cựu Phó Cục trưởng) nhận 8,6 tỷ đồng để tạo điều kiện cho các cá nhân, tổ chức xin cấp Giấy tiếp nhận và Giấy chứng nhận nhà máy đạt tiêu chuẩn GMP. Bị cáo Đỗ Hữu Tuấn (cựu Phó Cục trưởng) bị xác định nhận hối lộ 4,3 tỷ đồng…
Trong vụ án này, 34 bị cáo (đều ở Cục An toàn thực phẩm, Bộ Y tế) bị Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao truy tố về cùng tội “Nhận hối lộ” (theo quy định tại Điều 354 - Bộ luật Hình sự) gồm: 2 cựu Cục trưởng Nguyễn Thanh Phong (sinh năm 1963) và Trần Việt Nga (sinh năm 1974); 2 cựu Phó Cục trưởng gồm: Nguyễn Hùng Long (sinh năm 1964) và Đỗ Hữu Tuấn (sinh năm 1973). Lê Hoàng (sinh năm 1973, Phó Cục trưởng Cục Phòng bệnh, Bộ Y tế); Đinh Quang Minh (sinh năm 1974, cựu Giám đốc Trung tâm ứng dụng và đào tạo An toàn thực phẩm); Cao Văn Trung (sinh năm 1967, Trưởng phòng Pháp chế - Thanh tra), Nguyễn Thị Minh Hải (sinh năm 1965, cựu Phó Giám đốc Trung tâm Ứng dụng và Đào tạo An toàn thực phẩm); Nguyễn Thị Yến (sinh năm 1979, Phó Chánh Văn phòng); Phạm Tuyết Mai (sinh năm 1983, Viên chức Văn phòng Ủy ban Codex Việt Nam, nguyên nhân viên hợp đồng Trung tâm Ứng dụng và Đào tạo An toàn thực phẩm); Phạm Duy Bình (sinh năm 1986, cựu nhân viên hợp đồng Trung tâm Ứng dụng và Đào tạo An toàn thực phẩm); Nguyễn Thị Minh (sinh năm 1984, nhân viên hợp đồng Văn phòng; nguyên nhân viên hợp đồng Trung tâm Ứng dụng và Đào tạo An toàn thực phẩm); Nguyễn Nam Tiến (sinh năm 1984, chuyên viên); Lê Thị Hiên (sinh năm 1982, nhân viên hợp đồng Trung tâm Ứng dụng và Đào tạo An toàn thực phẩm); Nguyễn Thị Ngọc Hiền (sinh năm 1982, chuyên viên); Trần Mỹ Hằng (sinh năm 1977, chuyên viên Phòng Kế hoạch tài chính).3 cán bộ thuộc Phòng quản lý tiêu chuẩn và kiểm nghiệm gồm: Nguyễn Thị Phương Lan (sinh năm 1978, Trưởng phòng), Trần Thị Tuyết (sinh năm 1983, chuyên viên), Nguyễn Thị Hải Hà (sinh năm 1976, chuyên viên).