Trung tâm kiểm nghiệm phân bón Quốc gia trực thuộc Cục Trồng trọt - Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn, được thành lập từ năm 2012. Trung tâm này có với chức năng chỉ định hoạt động trong lĩnh vực chứng nhận hợp quy chất lượng phân bón.
Từ tháng 12-2012 đến tháng 1-2014, Trung tâm kiểm nghiệm phân bón Quốc gia đã ký hàng chục hợp đồng chứng nhận chất lượng hợp quy phân bón với các khách hàng là doanh nghiệp cho khoảng hơn 900 sản phẩm, và đã cấp gần 800 giấy chứng nhận hợp quy cho khách hàng. Qua đó đã thu hơn 1,5 tỉ đồng trong tổng số hợp đồng đã ký là hơn 1,8 tỉ đồng.
Trong quá trình thực hiện cấp giấy chứng nhận hợp quy phân bón và thu tiền, 3 bị can nêu trên đã không thực hiện không đúng theo quy định về trình tự, thủ tục. Ngoài ra trong số hơn 90 bộ hợp đồng chứng nhận hợp quy đã thực hiện, có khoảng 20 bộ hồ sơ không có biên bản lấy mẫu và biên bản kiểm tra sản phẩm phù hợp với quy chuẩn kỹ thuật.
Quá trình điều tra, xác minh, cơ quan chức năng còn làm rõ từ năm 2011, một số doanh nghiệp đã ký hợp đồng khảo nghiệm phân bón với Trung tâm khảo kiểm nghiệm giống, sản phẩm cây trồng và phân bón Quốc gia (đơn vị tiền thân của Trung tâm kiểm nghiệm phân bón Quốc gia) để thực hiện việc khảo nghiệm cho các sản phẩm phân bón. Các bị can nêu trên có hành vi thực hiện không đúng quy định về việc khảo nghiệm phân bón nhưng vẫn cấp chứng nhận cho 16 loại phân bón mới cho các doanh nghiệp.
Các sản phẩm này sau đó đã được các doanh nghiệp đưa vào sản xuất kinh doanh nhưng đến năm 2014, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn qua thanh tra phát hiện có sai phạm và kết luận 16 sản phẩm phân bón chưa được tiến hành khảo nghiệm nên loại khỏi danh mục phân bón được sản xuất kinh doanh tại Việt Nam. Hành vi của các bị can đã gây thiệt hại cho các doanh nghiệp hàng trăm triệu đồng.
