Theo cáo trạng, khoảng 6h ngày 15-1-2011, Công an xã Nam Anh, huyện Nam Đàn và lực lượng chức năng Công an huyện Nam Đàn, tỉnh Nghệ An tiến hành kiểm tra hành chính nơi ở của Hồ Thị Bích Khương ở xóm 2, xã Nam Anh, huyện Nam Đàn (Nghệ An) phát hiện Nguyễn Trung Tôn, thường trú tại xã Quảng Yên, huyện Quảng Xương, tỉnh Thanh Hoá đến cư trú qua đêm tại nhà Khương nhưng không đăng ký tạm trú. Tiến hành khám xét nơi ở của Hồ Thị Bích Khương, cơ quan chức năng thu giữ được 68 loại tài liệu, 3 bộ máy vi tính, 1 USB và một số đồ vật khác.
Qua kiểm tra máy vi tính và các tài liệu thu giữ thấy có nhiều tài liệu có nội dung liên quan đến chống Nhà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam. Cơ quan điều tra đã tiến hành bắt khẩn cấp đối với Khương và Tôn để đấu tranh làm rõ. Ngày 17-1-2011, Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an huyện Nam Đàn tiến hành khám xét khẩn cấp nơi ở của Nguyễn Trung Tôn, ở xã Quảng Yên, huyện Quảng Xương, tỉnh Thanh Hóa tiếp tục thu được 10 tài liệu, một bộ máy vi tính, trong đó có một số tài liệu có nội dung chống Nhà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam. Ngày 22-1-2011, Cơ quan an ninh Công an tỉnh Nghệ An đã khởi tố vụ án, khởi tố bị can Hồ Thị Bích Khương và Nguyễn Trung Tôn vì có hành vi “Tuyên truyền chống Nhà nước cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam”.
Bị cáo Nguyễn Trung Tôn trong quá trình điều tra khai nhận tương đối thành khẩn, song lại kháng cáo. Tại phiên tòa phúc thẩm bị cáo vẫn kêu oan nhưng không đưa ra lý lẽ thuyết phục. Tuy nhiên, trong quá trình điều tra, Tôn đã thừa nhận lập ra nhiều hộp thư cho mình và Khương, thừa nhận có sửa bài cho Khương và trực tiếp viết ra một số bài có nội dung và tính chất như Khương đã thực hiện. Sau đó, sử dụng nhiều hộp thư để gửi tài liệu đó vào hộp thư “thế giới vì hoà bình” để nhờ chuyển tiếp phát tán.
