Dự kiến, bảo tàng sẽ được xây dựng dưới chân núi Thới Lới, thôn Đồng Hộ, xã An Hải. Công trình được đánh giá có ý nghĩa đặc biệt quan trọng đối với việc bảo vệ chủ quyền biển đảo Việt Nam. Hiện tại ở Lý Sơn có hơn 10 di tích lịch sử đã được xếp hạng, hầu hết liên quan trực tiếp đến lịch sử chủ quyền 2 quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa. Dự kiến, kinh phí xây dựng bảo tàng khoảng trên dưới 140 tỷ đồng.
