Hòa cùng bầu không khí lễ hội của các CĐV ở bên trong các SVĐ là làn sóng biểu tình phản đối chính quyền địa phương ở một số thành phố khiến cho công tác tổ chức gặp khó khăn. Va chạm giữa cảnh sát và người biểu tình xảy ra ở bên ngoài 3 trong 6 SVĐ tham gia tổ chức Confederations Cup - Brasilia, Belo Horizonte và Rio de Janeiro - dẫn đến những vụ bắt giữ.
Ở một số thành phố, người biểu tình than phiền vì chính quyền địa phương chi quá nhiều tiền để tổ chức giải đấu năm nay và World Cup năm tới trong khi phần lớn dân số vẫn khó khăn. Một số vụ bạo lực đã xảy ra chỉ vài giờ trước lúc diễn ra trận mở màn ở Brasilia, điều dẫn đến sự lúng túng của Chủ tịch FIFA, Sepp Blatter và Tổng thống Brazil, Dilma Rousseff. Họ la ó khi quan chức người Thụy Sỹ đọc diễn văn khai mạc và người đứng đầu FIFA phải kêu gọi sự “tôn trọng” và “tinh thần thể thao” từ những “người bạn của bóng đá Brazil”. Công tác tổ chức ở Brasilia cũng gặp một số vướng mắc trước lúc diễn ra trận mở màn vài ngày, khi họ phải đóng cửa một số trung tâm để hoàn thành việc cấp giấy phép làm việc cho các công nhân, người tình nguyện và các phóng viên tham gia đưa tin giải đấu.
Ngay sau trận đấu mở màn, Brazil cũng cho thấy sự thiếu sót trong cơ sở hạ tầng của sân bay. Các phóng viên và CĐV phải chờ đợi rất lâu để làm thủ tục cho chuyến bay bởi BTC địa phương dường như chưa chuẩn bị sẵn sàng cho khả năng tăng vọt dòng người đổ về đây trong dịp Confederations Cup.
Ngoài ra, chỉ có 2 SVĐ được bàn giao đúng hạn, trong khi công việc dở dang được nhìn thấy ngay từ bên ngoài ở các địa điểm còn lại, đặc biệt tại sân Maracana, Arena Pernambuco ở Recife và Castelao ở Fortaleza.
Mặc dù vậy, những vướng mắc cả ở khâu tổ chức và xây dựng không làm giảm sự cuồng nhiệt trên các SVĐ. Không khí trên các khán đài giúp các trận đấu thêm phần sôi động và đây là một trong những kỳ Confederations Cup mà FIFA bán được nhiều vé nhất trong lịch sử.
