Như vậy sau 4 năm tiến hành thanh tra các hoạt động của trường này từ tháng 7-2008 đến 5-2012, Chánh Thanh tra Nguyễn Huy Bằng khẳng định trường ĐH Kinh tế Quốc dân đã mắc một số sai phạm lớn và sẽ có hình thức xử lý nghiêm túc để cảnh báo các trường ĐH trên cả nước trong quá trình đào tạo.
Chỉ tính riêng lĩnh vực tài chính, Thanh tra Bộ GD-ĐT đã phát hiện ĐH Kinh tế Quốc dân đã thu sai, thu vượt nhiều khoản với tổng số trên 50 tỷ đồng gồm thu kinh phí đào tạo thạc sỹ, tiến sỹ không có trong quy định 22.173.153.000 đồng, thu vượt quy định về học phí nâng điểm hệ chính quy 3.073.772.482 đồng, thu vượt quy định lệ phí tuyển sinh các hệ 7.906.046.500 đồng, thu ngoài quy định 18.407.020.750 đồng, thu phí trông xe vượt quy định 229.536.000 đồng.
Thanh tra cũng khẳng định việc chuyển 54 sinh viên từ trường Đại học Tây Bắc về học tại trường này là không phù hợp với Quy chế đào tạo đại học, cao đẳng và kiến nghị chuyển 54 sinh viên gửi học về trường ĐH Tây Bắc. Theo quy định của Luật Cán bộ công chức và Điều lệ Trường Đại học, hiệu trưởng với tư cách là người đứng đầu nhà trường, chịu trách nhiệm chung về mọi thiếu sót, sai phạm trong quản lý. Các phó hiệu trưởng chịu trách nhiệm về những sai sót, vi phạm trong phạm vi trách nhiệm được hiệu trưởng phân công.
