Các bị can bị khởi tố gồm Nguyễn Thị Bích Loan, nguyên Trưởng ban tài chính kế Vinalines; Lê Văn Dương, nguyên đăng kiểm viên Cục Đăng kiểm Việt Nam; Huỳnh Hữu Đức, nguyên phó chi cục Hải quan Vân Phong, tỉnh Khánh Hòa; Lê Văn Lừng, nguyên cán bộ Kiểm hóa chi cục Hải quan Vân Phong; Lê Ngọc Triện, nguyên cán bộ kiểm tra hồ sơ chi cục Hải quan Vân Phong; Mai Văn Khang, nguyên cán bộ BQL dự án của Vinalines; và Trần Hải Sơn, nguyên tổng giám đốc công ty TNHH sửa chữa tàu biển Vinalines.
7 bị can này bị CQĐT khởi tố để điều tra về hành vi vi phạm pháp luật trong quá trình đầu tư ụ nổi 83M. Dù biết ụ nổi 83M chất lượng kém, không đủ tiêu chuẩn nhập khẩu về Việt Nam nhưng các bị can này vẫn cố tình “phù phép” để đưa bằng được ụ nổi về, gây thiệt hại cho ngân sách Nhà nước.
Trước đó, CQĐT đã làm rõ hành vi sai phạm của Trần Hải Sơn và Trần Văn Quang - Trưởng phòng kế hoạch công ty TNHH sửa chữa tàu biển Vinalines; đã thông đồng với Trần Bá Hùng, cán bộ Hyundai Vinashin và Phạm Bá Giáp, Giám đốc công ty Nguyên Ân - Nha Trang sử dụng pháp nhân của công ty Nguyên Ân thực hiện hành vi lập 2 bộ hồ sơ hợp đồng, chứng từ quyết toán khống khối lượng sửa chữa phần đáy ụ nổi và “gửi” giá 10.000 đồng/kg thép hàn vào hợp đồng để chiếm đoạt tiền của Vinalines. Cơ quan chức năng kết luận các bị can đã nâng khống, gửi giá chiếm đoạt, gây thiệt hại số tiền 2,9 tỉ đồng.
Nhóm cán bộ thuộc công ty TNHH sửa chữa tàu biển Vinalines được chia hơn 2,5 tỉ đồng; Trần Hải Sơn chiếm hưởng 900 triệu đồng…Ngày 1-2-2012, CQĐT Bộ Công an đã khởi tố vụ án tham ô tài sản, khởi tố và bắt tạm giam 4 bị can trên. Đây chính là “điểm khởi phát” của vụ Vinalines thời gian sau này, với tâm điểm là việc làm rõ hành vi “Cố ý làm trái…” của một số cán bộ chủ chốt của Vinalines trong đó có các ông Dương Chí Dũng (nguyên Chủ tịch HĐQT), Mai Văn Phúc (nguyên TGĐ), và ông Trần Hữu Chiều (nguyên Phó TGĐ Vinaline).
Như vậy, liên quan đến vụ Vinalines, đến thời điểm hiện tại, CQĐT đã khởi tố hơn 10 bị can, về hai tội danh “Cố ý làm trái… và “Tham ô tài sản”.
