Một trong những nguyên nhân chính là do một số quy định về tội phạm môi trường chưa được hướng dẫn cụ thể, đặc biệt là sự thiếu thống nhất trong việc xác định rõ ranh giới giữa xử lý hành chính và xử lý hình sự, cũng như phân loại mức độ nguy hiểm của hành vi phạm tội để áp dụng các chế tài cho hợp lý, chính xác.
Hiện nay, các văn bản hướng dẫn thi hành BLHS về tội phạm môi trường đang rất thiếu. Các khái niệm cơ bản như “nghiêm trọng, rất nghiêm trọng, đặc biệt nghiêm trọng, gây hậu quả lớn…” chưa được làm rõ dẫn đến việc khó áp dụng. Nếu như hành vi áp dụng đối với tội phạm hình sự như cướp của, giết người,… sẽ bị tử hình thì loại tội phạm trong lĩnh vực môi trường ảnh hưởng lâu dài đến sức khoẻ, tính mạng, thậm chí huỷ hoại cả thế hệ chỉ phạt 500 triệu đồng là xong. Chính vì những bất cập trong quy định của pháp luật mà nhiều vụ việc bị “bỏ qua”, không được xử lý hoặc chỉ xử lý về hành chính trong khi mức độ vi phạm đáng phải xử lý về hình sự.
Thực tiễn các hành vi vi phạm môi trường ngày càng gia tăng với hình thức và mức độ ngày càng tinh vi và việc áp dụng các điều khoản của BLHS để xử lý các hành vi vi phạm quy định về bảo vệ môi trường của các cơ quan chức năng vẫn còn hết sức lúng túng. Việc xác định hậu quả nghiêm trọng khác, rất nghiêm trọng khác hoặc đặc biệt nghiêm trọng khác bằng tính mạng, sức khỏe con người được quy định trong luật là chưa hợp lý và rất khó xác định. Bởi, hậu quả trực tiếp do các hành vi phạm tội về môi trường gây ra chính là đối với môi trường sinh thái, còn hậu quả khác do hành vi này gây ra có thể xác định là đối với tính mạng, sức khỏe con người.
Trong thực tế, nhiều trường hợp tính mạng, sức khỏe con người bị ảnh hưởng ngay lập tức do hành vi phạm tội về môi trường gây ra, song cũng có những trường hợp hậu quả đối với tính mạng, sức khỏe con người chỉ xảy ra sau một thời gian dài, có thể là 5-10 năm. Như vậy, thời hiệu truy cứu trách nhiệm hình sự cũng đã hết. Do vậy, để thuận lợi cho việc áp dụng và xử lý, cơ quan chức năng nên có những văn bản hướng dẫn cụ thể từng dấu hiệu cấu thành tội phạm, yếu tố định tội, định khung hình phạt của mỗi điều luật. Khi hướng dẫn tình tiết gây hậu quả nghiêm trọng, rất nghiêm trọng, đặc biệt nghiêm trọng, nên xác định cụ thể từng mức độ hậu quả do hành vi phạm tội gây ra. Cụ thể, việc xác định môi trường bị ô nhiễm nghiêm trọng nên căn cứ vào hàm lượng của một hoặc nhiều hóa chất, kim loại nặng vượt quá tiêu chuẩn về chất lượng môi trường. Việc định lượng cụ thể này sẽ giúp cho cơ quan tố tụng có cơ sở rõ ràng để truy tố các hành vi phạm tội.
