Theo kết luận thanh tra ngày 5-12-2012 của Bộ GD-ĐT, hàng loạt hoạt động của ĐH Kinh tế Quốc dân đã mắc các sai phạm nghiêm trọng kéo dài và có liên quan trực tiếp đến hiệu trưởng. Ông Nguyễn Văn Nam đã vi phạm một số kỷ luật trong quản lý nhà trường về công tác tổ chức cán bộ, tài chính, đào tạo và xây dựng cơ bản làm ảnh hưởng tới uy tín của trường và của ngành.
Với những sai phạm trên Bộ GD-ĐT đã cân nhắc về hình thức kỷ luật cao hơn, tuy nhiên trong quá trình thanh tra chưa phát hiện thấy ông Nguyễn Văn Nam tham nhũng, tham ô vụ lợi cá nhân nên vẫn áp dụng mức cảnh cáo với thời gian chấp hành kỷ luật 12 tháng kể từ ngày ký quyết định. Bên cạnh đó, Bộ GD-ĐT cũng ra thông báo về việc phê bình công chức với các Phó hiệu trưởng trường ĐH Kinh tế Quốc dân gồm ông Phan Công Nghĩa vì có những thiếu sót, sai phạm liên quan công tác tài chính và xây dựng cơ bản, ông Phạm Quang Trung liên quan trách nhiệm trong công tác quản lý tài chính và quản lý đào tạo đại học, ông Trần Thọ Đạt vì những sai phạm, thiếu sót liên quan tới trách nhiệm của Ban giám hiệu.
