Trường hợp doanh nghiệp khẳng định việc mua bán hàng hóa và hóa đơn GTGT đầu vào sử dụng kê khai khấu trừ là đúng quy định, thì doanh nghiệp phải cam kết chịu trách nhiệm trước pháp luật, đồng thời cơ quan thuế phải thực hiện thanh tra, kiểm tra tại doanh nghiệp để kết luận và xử lý vi phạm theo quy định.

Trường hợp phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế, có dấu hiệu tội phạm thì cơ quan thuế lập và chuyển hồ sơ cho cơ quan có thẩm quyền để điều tra.