Cũng trong năm 2012, HQHN đã phát hiện, xử lý 1.331 vụ gian lận thương mại, ra quyết định xử phạt 5,25 tỷ đồng. Qua tham vấn giá tính thuế với 246 tờ khai, ngành đã truy thu 539,8 triệu đồng tiền thuế nộp ngân sách Nhà nước. Công tác thu hồi nợ đọng thuế cũng được HQHN đẩy mạnh thực hiện với tổng số nợ thu hồi năm 2012 đạt hơn 1.047 tỷ đồng.
Năm 2013, bên cạnh việc triển khai thủ tục Hải quan điện tử, cơ chế hải quan một cửa quốc gia và một cửa ASEAN, HQHN sẽ đẩy mạnh các hoạt động nghiệp vụ nhằm chống thất thu ngân sách Nhà nước đồng thời tăng cường kỷ luật, chống tệ phiền hà, sách nhiễu, tiêu cực.
