Trường Đại học Việt Nhật hoạt động theo Điều lệ trường đại học; Quyết định số 64/2013/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ; Quy chế tổ chức và hoạt động của Đại học Quốc gia và Quy chế tổ chức và hoạt động của Trường do Thủ tướng Chính phủ ban hành. Đại học Quốc gia có trách nhiệm kiểm tra các điều kiện bảo đảm chất lượng trước khi cho phép mở ngành đào tạo đại học và tuyển sinh.
