Sau khi hạ cánh tại Israel vào ngày chủ nhật (25/5), Đức Thánh Cha Francis mô tả Holocaust là "một biểu tượng lâu dài với chiều sâu mà con người có thể chìm vào tội ác". Ngài cũng ghé thăm các địa điểm tôn giáo ở Jerusalem và hội đàm với trưởng giáo của Israel.
Cùng ngày, Đức Thánh Cha đã mời Tổng thống Israel Shimon Peres và người đồng cấp người Palestine, ông Mahmoud Abbas đến Vatican để cầu nguyện cho hòa bình. Cả hai đều đã chấp nhận lời mời này.
Chuyến viếng thăm của Đức Thánh Cha đã đi qua Jordan và các vùng lãnh thổ của Palestine.
Hành trình hôm thứ hai (26/5) bắt đầu với chuyến viếng thăm Grand Mufti của Jerusalem - các giáo sĩ Hồi giáo phụ trách thánh địa Hồi giáo của thành phố và một chuyến viếng thăm Bức tường phía Tây. Trước khi đến thăm Yad Vashem, Đức Thánh Cha đã tới và đặt vòng hoa tại ngôi mộ của Theodor Herzl, người được đã sáng lập ra giáo phái Zionism hiện đại.
50 năm trước, 3 vị Đức Thánh Cha tiền nhiệm từng tới thăm Jerusalem, tuy nhiên họ không tới thăm địa điểm này. Hành động này của Đức Thánh Cha Fransic rất được chào đón bởi thủ tướng Benjamin Netanyahu. Thủ tướng cho biết “Chúng tôi hoan nghênh và đánh giá cao quyết định của Đức Thánh Cha khi ông đặt một vòng hoa trên mộ của Binyamin Zev Herzl.”
Mục đích chính thức chuyến viếng thăm của Đức Thánh Cha đến Đất Thánh là để cải thiện quan hệ với Giáo Hội Chính Thống. Tuy nhiên, cuộc viếng thăm diễn ra chỉ vài tuần sau khi các cuộc đàm phán hòa bình giữa Israel và người Palestine bị phá vỡ.
Trong chuyến thăm, Francis đã trao đổi về "những hậu quả bi thảm của cuộc xung đột kéo dài" và sự cần thiết phải “tăng cường nỗ lực và chủ động” để tạo ra nền hòa bình ổn định, dựa trên sự hòa giải giữa hai nhà nước.
Vào thứ hai (26-5), Đức Thánh Cha đã đến Tel Aviv và sau đó bay trở lại Rome, Ý.
