Theo Chương trình tiêm chủng mở rộng quốc gia, vaccine viêm não Nhật Bản đã được triển khai trong chương trình tiêm chủng mở rộng từ năm 1997 cho trẻ từ 1-5 tuổi; diện triển khai vaccine này được mở rộng dần qua các năm. Năm 2014 vaccine viêm não Nhật Bản được thực hiện tại các tất cả các địa phương trên toàn quốc thông qua hình thức tổ chức chiến dịch. Đến nay đã có hàng chục triệu lượt trẻ được tiêm chủng vaccine này.
Theo báo cáo của các địa phương, trong năm 2014 tỷ lệ trẻ được tiêm 2 mũi vaccine viêm não Nhật Bản đạt xấp xỉ 93,7%. Việc vaccine này được đưa vào tiêm chủng thường xuyên hàng tháng sẽ giúp cho trẻ được tiêm sớm vaccine này ngay khi đủ 12 tháng tuổi. Thống kê tại một số bệnh viện các năm gần đây, trong số bệnh nhân viêm não có nguyên nhân do vi rút, viêm não Nhật Bản chiếm khoảng 8-13%, giảm nhiều so với những năm trước khi triển khai vaccine khoảng 50-60%.
