Vào thời điểm xảy ra vụ tai nạn, tàu SE4 chạy hướng Hà Nam - Hà Nội, khi đến Km 15+800 khu giao cắt giữa địa phận huyện Thường Tín - thị trấn Văn Điển đã va chạm với xe máy của 2 phụ nữ. Tại hiện trường, xe máy của 2 nạn nhân bị văng xa, biến dạng.
Thời điểm xảy ra tai nạn trời rét, tầm nhìn hạn chế do trời chưa sáng rõ. Nạn nhân sau đó được xác định là chị L.T.K.T. (sinh năm 1989) và N.T.S. (sinh năm 1991), cùng quê ở huyện Thường Tín, là cán bộ một bệnh viện trên địa bàn. Khoảng 20 phút dừng lại giải quyết vụ việc, hiện trường đã được thu dọn phục vụ công tác điều tra, đoàn tàu tiếp tục khởi hành lúc 5h50 phút cùng ngày.
Được biết, thời điểm xảy ra sự việc, xe máy đi qua lối đi tự mở giao cắt với đường sắt không có gác chắn.
