Theo tài liệu của cơ quan tố tụng, ngày 12-8-2015, đoàn công tác liên ngành đã kiểm tra đột xuất Công ty Văn Hiến ở phường Ngọc Thuỵ, quận Long Biên, phát hiện và lập biên bản tạm giữ 25 đầu sách với hơn 50.000 bản gồm: vở chính tả từ lớp 1 đến lớp 5, tiếng Anh từ lớp 1 đến lớp 5, tiếng Anh từ lớp 6 đến lớp 8 cùng một số sách khác.
Tất cả số ấn phẩm này đều không có hóa đơn, chứng từ chứng minh nguồn gốc. Ngoài ra chúng còn bị nghi là dám tem nhái, tem giả của Nhà xuất bản Giáo dục Việt Nam. Tại thời điểm kiểm tra, Công ty Văn Hiến không cung cấp được giấy xác nhận hoạt động kinh doanh xuất bản phẩm của cơ quan Nhà nước.
Ngày 8-10-2015, Cơ quan ANĐT - Bộ Công an đã ra quyết định khởi tố vụ án và chuyển hồ sơ về CATP Hà Nội để điều tra theo thẩm quyền. Tháng
1-2016, Cơ quan ANTĐ - CATP Hà Nội đã ra quyết định khởi tố bị can đối với Trần Quang Phú.
Kết quả điều tra cho thấy, khoảng tháng 7, tháng 8-2015, Phú được đối tác chào bán 25 đầu sách, trong đó có 10 đầu sách tiếng Anh và 15 đầu sách, vở chính tả, với mức chiết khấu 43% cho sách tiếng Anh và 35% cho sách, vở chính tả. Tổng trị giá lô sách (giá bìa) gần 850 triệu đồng. Phú đã trả cho đối tác số tiền chiết khấu là 270 triệu đồng và nếu không bị phát hiện, Công ty Văn Hiến sẽ lãi khoảng 60-70 triệu đồng cho phi vụ trên.
