Ở lần bỏ phiếu bầu Chủ tịch, có tới 13 trong tổng số 62 phiếu không hợp lệ. Cụ thể, thay vì đánh dấu V như quy định để thể hiện sự đồng ý, nhiều đại biểu lại đánh dấu X. Để giải quyết vấn đề, Ban bỏ phiếu đã xin phép Đại hội chấp nhận phương án đánh dấu X là hợp lệ. Sau đó, ông Lê Hùng Dũng trúng cử với 60-62 phiếu bầu.
Còn ở chức danh Phó chủ tịch truyền thông, rất nhiều phiếu không hợp lệ. Cụ thể, có 2 ứng viên được đề cử là Phó chủ tịch khóa VI Nguyễn Lân Trung và ông Nguyễn Xuân Gụ - nhà báo, . Phiếu hợp lệ là phiếu phải tích "đồng ý" với ứng viên A, đồng thời tích "không đồng ý" với ứng viên B. Tuy nhiên, nhiều phiếu lại chỉ tích một trong 2 ô.
Quyết định không bỏ phiếu bầu lại, Ban bỏ phiếu sau nhiều lần xin ý kiến và được các đại biểu tán thành đã công bố người trúng cử chức danh Phó Chủ tịch truyền thông là ông Nguyễn Xuân Gụ (32/60). Ông Nguyễn Lân Trung chỉ giành 28/60 phiếu hợp lệ.
Như vậy, ông Xuân Gụ sẽ thay ông Nguyễn Lân Trung đảm trách mảng truyền thông, đối ngoại VFF khóa VII. Đây cũng là lần đầu tiên ông Gụ được bầu vào vị trí chủ chốt của VFF.
Sự cố liên quan đến phiếu bầu ở Đại hội VFF không đáng có nhưng đã xảy ra. Trước đó, ở cuộc bỏ phiếu tín nhiệm ứng viên BCH VFF khóa VII tổ chức tháng 5-2013, đã xảy ra sự cố đếm nhầm phiếu ở 2 vị trí của ông Lê Hùng Dũng và ông Nguyễn Nam Hùng.
