Cơ quan tố tụng ra Quyết định khởi tố bị can đối với ông Phạm Thanh Bình là CQĐT Công an tỉnh Phú Yên. Ngày 28-8-2017, Quyết định khởi tố bị can đã được Viện KSND tỉnh phê chuẩn.
Theo điều tra ban đầu, năm 2007, ông Võ Tân, Giám đốc Công ty CP công nghiệp nông thủy sản Phú Yên (đơn vị thành viên của Vinashin) xin chủ trương đầu tư xây dựng đội tàu gồm 4 chiếc.
Tháng 10-2007, Vinashin cho phép Công ty CP công nghiệp nông thủy sản Phú Yên lập dự án đầu tư đóng mới 2 tàu tải trọng 4.000 tấn với tổng mức đầu tư 150 tỉ đồng, và chỉ định đơn vị tư vấn là Công ty CP Vinashin.
Mặc dù chỉ mới được cho phép lập dự án nhưng ngay sau đó, ông Võ Tân đã lập tờ trình gửi Chủ tịch HĐQT Tập đoàn Vinashin Phạm Thanh Bình, xin khởi công đóng 2 tàu.
Cũng rất nhanh chóng, ông Phạm Thanh Bình đã đồng ý cho triển khai khi dự án này chưa thực hiện xong khâu chuẩn bị đầu tư, hậu quả gây thiệt hại nhiều 5 tỷ đồng.
Trước đó, cuối tháng 9-2016, CQĐT Công an tỉnh Phú Yên đã ra quyết định khởi tố bị can đối với ông Võ Tân và Dương Sơn Hoan - kế toán trưởng Công ty CP công nghiệp nông thủy sản Phú Yên về tội danh Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng.
Về phần cựu chủ tịch HĐQT Tập đoàn Vinashin Phạm Thanh Bình, ông này đang phải thi hành bản án 20 năm tù giam, sau phiên xét xử hồi cuối tháng 3-2012 do TAND TP. Hải Phòng mở, cũng về tội Cố ý làm trái các quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng, xảy ra tại Tập đoàn công nghiệp Tàu thủy Việt Nam (Vinashin).
