Bên cạnh hoạt động triển lãm, Bảo tàng còn triển khai chương trình giáo dục nghệ thuật tương tác bao gồm nhiều hoạt động như: hoạt động khám phá nghệ thuật thông qua hình thức tham quan triển lãm và gặp gỡ giao lưu cùng nghệ sĩ để tìm hiểu thêm về tác giả, tác phẩm; chia sẻ và trải nghiệm sáng tạo nghệ thuật qua hình thức vẽ tranh theo chủ đề triển lãm hoặc thể nghiệm sáng tạo trên chất liệu truyền thống như in tranh Đông Hồ và trang trí trên sản phẩm gốm Bát Tràng, quạt giấy Chàng Sơn. Chương trình nhằm tạo cơ hội cho công chúng và đặc biệt là các em học sinh bổ sung kiến thức nền tảng về nghệ thuật thông qua nguồn di sản tại Bảo tàng.
