Đầu mối đầu tiên của vụ án bị CQĐT phát giác là Đỗ Quang Hưng, 36 tuổi, trú ở xã Nguyên Khê, Đông Anh, Hà Nội. Qua công tác nắm tình hình, Công an tỉnh Bắc Ninh làm rõ, Hưng thuê người thành lập 3 công ty “ma” gồm Công ty TNHH Vân Hà Bắc Ninh; Công ty CP Kim khí và vận tải Bá Hùng và Công ty CP Kim khí Đông Bắc Ninh (đều có trụ sở ở phường Võ Cường, TP Bắc Ninh). Các công ty trên không hoạt động kinh doanh và mục đích thành lập chỉ nhằm hợp thức hoá nguồn hóa đơn GTGT đầu vào cho nhiều doanh nghiệp trong và ngoài tỉnh Bắc Ninh.
Quá trình điều tra, cơ quan chức năng đã thu thập được nhiều tài liệu, chứng cứ thể hiện, khoảng tháng 10-2012, Hưng thành lập Công ty CP Kim khí và vận tải Bá Hùng, thuê Tăng Bá Trình, 34 tuổi, trú ở xã Uy Nỗ, Đông Anh, làm giám đốc. Giám đốc Trình có nhiệm vụ thực hiện các thủ tục kê khai, báo cáo thuế và ký các giấy tờ, hóa đơn GTGT theo yêu cầu của Hưng, hàng tháng được nhận lương 5 triệu đồng. Cho đến khi bị phát hiện, Hưng đã chỉ đạo Trình kê khai khống 29 hóa đơn GTGT mua hàng của Công ty CP H.L, trụ sở ở TP Vĩnh Yên, Vĩnh Phúc với tổng doanh số gần 95 tỷ đồng, thuế GTGT gần 9,5 tỷ đồng.
Ngoài ra, Trình và Công ty Bá Hùng còn giao dịch 36 hóa đơn GTGT với Công ty CP đầu tư xây dựng N.H.N, trụ sở ở TP Phủ Lý, Hà Nam, với tổng doanh số hơn 129 tỷ đồng, thuế GTGT gần 13 tỷ đồng. Sau khi kê khống hóa đơn đầu vào, Hưng đã đem đến cơ quan thuế và được khấu trừ tương ứng với số tiền thuế GTGT bán ra của Công ty Bá Hùng. Sau khi chiếm đoạt số tiền này, Hưng và Trình đã bỏ trốn.
Căn cứ tài liệu thu thập, CQĐT đã ra lệnh bắt Tăng Bá Trình (đối tượng trực tiếp ký khống các hóa đơn) về hành vi trốn thuế. Đối tượng Hưng đã bị Cơ quan CSĐT Công an tỉnh Bắc Ninh ra quyết định truy nã toàn quốc. Bằng các biện pháp nghiệp vụ, trung tuần tháng 11-2015, Công an tỉnh Bắc Ninh phối hợp với Công an tỉnh Lâm Đồng đã bắt giữ được Hưng; tiếp tục điều tra mở rộng vụ án.
